當前，國際社會對轉基因食品檢測技術路線主要有兩條：一是對外源基因表達產物蛋白質進行檢測；二是直接檢測外源基因DNA。隨檢測手段不斷提高，對食品轉基因檢測已從定性提高到定量水平 。
對外源基因表達產物蛋白質檢測常用方法有酶聯免疫法（ELISA）、蛋白質印跡法（Westernblot）等，這些檢測方法大多基于免疫反應高度特異性。
外源基因 DNA檢測主要是以核酸為基礎 PCR檢測法，用PCR技術和核酸探針雜交檢測技術準確快速檢測外源基因，其敏感、快速、簡便特點是其它檢測技術所無法比擬的。而新近發展實時熒光定量PCR技術是集PCR和探針雜交技術優點為一體，可通過探測PCR過程中熒光信號變化，準確定量DNA模板量。其檢測靈敏度比常規PCR技術高100倍左右，可檢測到每克樣品中含 2pg轉基因DNA量；且對加工、加工和混合樣品都可進行檢測。