核酸熒光染料對細胞核染色后定量測量細胞所發出的熒光強度,就可以確定細胞核中DNA、RNA的含量,并可以對細胞周期和細胞的增殖狀況進行分析。有多種熒光染料可以對細胞中的DNA或RNA染色,常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst 33342等,RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。