熱模塊：
由于PCR擴增儀器為96個樣本同時進行擴增和檢測，每個檢測孔的溫控完全一致是理想狀態。不同PCR擴增儀的升降溫原理不同，如壓縮機、半導體或空氣傳導，升降溫速度差異較大。有的PCR儀器由多個加熱模塊拼接，長期使用后容易出現某一個加熱模塊損壞，給臨床報告帶來麻煩。臨床檢測不單單有質量要求，有時容不得報告的拖延，因此選擇整體加熱模塊和故障率的儀器，也是提升實驗室質量的因素之一。
光學模塊：
PCR擴增信號的采集，是熒光PCR儀器定量的靈魂，決定了96個樣本孔間信號采集的均一性。從擴增管上部采集熒光信號的方式，由于經過管蓋和空氣部分，容易導致熒光信號衰減或折射，不同核酸濃度的擴增效率易產生差異，而側面采集熒光信號儀器，則能有效避免上部熒光采集存在的缺陷，獲得顏值較高的擴增曲線。因此，從側面采集熒光信號的PCR儀器應該列為首選。此外，PCR儀器的激發光源首選LED，壽命長、光亮度衰減慢，明顯優于鹵鎢燈。
軟件系統
計算機對每個擴增熒光信號進行擬合，依據標準曲線得出檢測樣本的結果，分析基線的設置原則以擴增曲線熒光值的5%為準，這恰好是PCR擴增儀容易產生噪音的位置，因此軟件具有依據整體擴增趨勢進行優化的功能顯得尤為重要，從而使獲得的熒光曲線趨于光滑，而得出重復性較好的結果。對擴增效率較差的PCR試劑盒，如果在沒有曲線優化功能的PCR儀上擴增，將獲得顏值極差的擴增曲線，甚至無法判斷結果，針對這一情況，有些試劑廠家針對不同的PCR儀器制作相應的試劑盒。
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