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  • 發布時間:2019-03-28 14:36 原文鏈接: 熒光PCR法檢測RNasin性能效果

    實驗目的:對RNasin性能效果進行檢測及評估。

    實驗材料及設備:

    模板RNA:大鼠肌肉組織RNA
    引物:Rat β-acting:Forward CCCATCTATGAGGGTTACGC
    Reverse TTTAATGTCACGCACGATTTC 
    RNase:50mg/ml(simgen)
    RNasin:40U/μl
    cDNA第一鏈合成試劑盒(simgen)、2×SYBR Green PCR mix(simgen)
    設備:ABI 7000 熒光PCR儀、普通PCR儀、離心機及移液器
    其他耗材:0.6ml離心管,八連排管,RNase-free吸頭,一次性手套及防護用品和紙巾。

    實驗方法:利用逆轉錄反應將RNA逆轉錄成cDNA及SYBR Green熒光PCR方法對RNasin產品的性能效果進行檢測評估。

    實驗方案:


    編號RNA量RNase 量RNasin量
    12μg4ng0
    22μg40ng80U
    32μg4ng80U
    42μg0ng0





    設計思路:


    1. 編號1-4為測試同一批RNasin的性能,1號與3號是測試相同RNA量和RNase量,加不加RNasin對cDNA合成的影響,即RNasin抑制RNase的活性效果。

    2. 4號是表示在不添加RNase和RNasin時的空白對照。

    3. 2號與3號是測試在相同RNA量和RNasin量的條件下,改變RNase的量,RNasin對不同量的RNase的抑制效果有什么變化。




    實驗步驟:


    1.將模板RNA在冰上解凍;5×gDNA Buffer、RNasin、RNA(500ng/ul)、RNase、RNA-Free H2O、5×RT Buffer、RT-Enzyme mix、RT-Primer mix 、2×SYBR Green PCR Mix、引物、在室溫(15-25℃)解凍,解凍后迅速置于冰上。使用前將每種溶液渦旋振蕩混勻,簡短離心以收集殘留在管壁的液體。

    注:RNase稀釋需在抽風口或遠離PCR操作室的實驗室。

    2. 按照表1的基因組DNA的去除體系配制混合液,徹底混勻。簡短離心,并置于42℃,孵育30min,以保證RNase有充分時間去降解RNA。然后置于冰上放置。

    表1 gDNA去除反應體系


    試劑編號1234
    5×gDNA Buffer(μl)2222
    RNA(μl)*14444
    RNase(ng)*22202
    RNasin(μl)*322
    RNA-Free H2O(μl)補足到10μl




    注:


    1. RNA的濃度是500ng/μl,RNA的濃度不能太低,且RNA需在RNase之前添加,否則可能被RNase降解完從而在熒光PCR上反映不出差異。

    2. RNase的濃度分別為1ng/μl和10ng/μl,故在加入RNase時均加入2μl,保證不同的量相同體積,以減少誤差,在加RNase的時候應盡量在無RNase的環境中添加,以免環境中RNase過多而導致RNA降解嚴重從而在熒光PCR上反映不出差異。

    3. RNasin的濃度為40U/μl,添加RNasin應在加RNA之前添加。

    后續cDNA合成步驟參考cDNA第一鏈合成試劑盒(simgen)說明書操作。所得cDNA稀釋5倍,置于冰上備用。

    熒光PCR步驟參考2×SYBR Green PCR Mix(simgen)說明書操作。

    將稀釋好的cDNA模板按照5μl/管加入到熒光PCR反應體系混合液中,進行熒光PCR擴增,觀察實驗結果。


    實驗結果:

    在加2ng RNase時,加不加RNasin對cDNA的合成是有明顯影響的,即3號比1號的CT值要小6個CT,表示它們的起始cDNA濃度相差大概26倍,說明RNasin對RNase的影響是非常大的。

    從2號與3號對比,說明在相同量的RNasin下,當RNase的量增加到20ng時,80U RNasin的效果還不足將RNase完全抑制,說明一定量的RNasin只能對一定量的RNase有足夠的抑制作用。



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