一、制備中藥化學成分對照品
國內外學者已采用高速逆流色譜技術分離提純了許多中藥化學成分對照品, 如從金銀花中分離綠原酸（純度94.8%）, 從黃芪中分離異黃酮苷（95%），從紫草中分離紫草寧（98.9%），從二氫楊梅素粗提物中純化二氫楊梅素川(99%), 從虎仗中分離白黎蘆醇(99%), 從肉蓯蓉acleoside（98%），從丹參中分離隱丹參酮（98.8%），從大黃中分離大黃素甲醚、蘆薈大黃酸、大黃酸、大黃粉、大黃素（98%）, 從毛柳苷粗提物中純化毛柳苷（98%）等。
二、分離蛋白質和多肽
高速逆流色譜裝置用于分離制備蛋白質和多肽, 需要強極性并具有較高的粘度的溶劑系統, 為了獲得合適的固定相保留值, 大部分都采用X型的CPC。目前, 聚合物雙水相溶劑體系、新型的PCCC以及ICCC的出現和發展則為成功分離蛋白質和多肽提供了有利的條件。用高速逆流色譜分離的有卵白蛋白、乙醇脫氫酶（ADH）、乳酸脫氫酶（LDH）、DNA結合蛋白、脂蛋白、短桿菌膚、桿菌膚、粘菌素、縮膽囊素等。
分離抗生素
由于可以直接向高速逆流色譜中進粗品，抗生素的分析和制備分離也可采用。美國FDA及世界衛生組織也采用此項技術作為抗生素成分的分離檢定。高速逆流色譜分離制備抗生素時，進樣量通常為1mg—5g，溶劑系統一般采用疏水性體系。用高速逆流色譜分離的抗生素實例有環孢菌素、WAP—8249A、伊維菌素、螺旋霉素、子囊霉素及依羅霉素、道諾紅菌素衍生物、普那霉素、放線菌素、殺念菌素、尼達霉素等。
分離手性化合物
隨著高速逆流色譜技術的發展，其應用范圍逐步拓展。已有用高速逆流色譜分離外消旋對映體手性化合物的報道。如已用于分離擷氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸等手性氨基酸對映體，也有報道從紫膠染料、喹啉黃、食品紅等染料中分離手性化合物。隨著高選擇性的手性添加劑的發現，相信將有更多的手性物質通過高速逆流色譜拆分。