藥物化學色譜儀分類有多種。
1、按功能可分：分析型藥物化學色譜儀和制備型藥物化學色譜儀。
2、按流動相物理狀態可分：藥物化學氣相色譜儀和藥物化學液相色譜儀。
3、按固定相和流動相的極性大小可分：正相藥物化學色譜儀和反相藥物化學色譜儀。
4、按分離規模可分：小型藥物化學色譜儀和大型藥物化學色譜儀。
5、按固定相物理狀態可分：藥物化學氣液色譜儀和藥物化學液液色譜儀。
6、按分離原理可分：藥物化學分配色譜儀、藥物化學離子交換色譜儀、藥物化學凝膠色譜儀和藥物化學電色譜儀等。
