如果沒有出現腸壞死，腸系膜靜脈血栓形成可以不采取手術，而給予藥物治療。不過目前還沒有指標能夠準確地指示病人腸壞死的危險。對于沒有腹膜炎或穿孔的病人，不需要靜脈抗生素治療。但是，在患病早期立即給予肝素抗凝治療，可以明顯提高病人的存活率，降低復發率，即使在手術中應用也在所不惜。全身肝素治療開始時可給予肝素5 000U靜脈注射，隨后持續輸注，保持活化部分凝血活酶時間為正常的2倍以上。即使存在消化道出血的情況，如果出現腸壞死的風險大于消化道出血的風險，也可以給予抗凝治療。
