藥用植物種子品質檢驗又稱種子品質鑒定。種子品質檢驗就是應用科學的方法對生產上的種子品質進行細致的檢驗、分析、鑒定以判斷其優劣的一種方法。種子檢驗包括田間檢驗和室內檢驗兩部分。田間檢驗是在藥用植物生長期內，到良種繁殖田內進行取樣檢驗，檢驗項目以純度為主，其次為異作物、雜草、病蟲害等；室內檢驗是種子收獲脫粒后到曬場、收購現場或倉庫進行扦樣檢驗，檢驗項目包括凈度、發芽率、發芽勢、生活力、千粒重、水分、病蟲害等。其中，凈度、重量、發芽率、發芽勢和生活力是種子品質檢驗中的主要指標。
扦樣是指從大量的種子中，扦取適量有代表性的，供分析檢驗的樣品。檢驗結果的準確性，取決于扦樣技術和檢驗技術。扦樣的基本原則是：一批種子內各包裝間或各部分間的種子類型和品質要求基本均勻一致，否則不予扦樣；扦樣點要全面均勻地分布在種子堆的各部位，既要有水平分布，又要有垂直分布；各取樣點扦取的樣品數量一致，不可過多和過少。
要從一批種子中扦取樣品，一般都用特制的扦樣器來進行，袋裝種子用單管扦樣器或用羊角扦樣器，在口袋的不同部位均勻取樣，將取樣器插入袋內，插入時槽口向下，然后旋轉180°，使槽口向上，抽出取樣器，即得到一個樣品。散裝種子可用圓筒形扦樣器，扦樣時以30°的斜度插入種子堆內，到達一定深度后，用力向上一拉，使活動塞離開進種門，略為振動，使種子掉人，然后抽出扦樣器。散堆種子數量不多，堆的深度不超過40cm時，可徒手取樣，流動性較差的種子和大粒種子，可以徒手取樣，手插入時，手指要伸直并攏。捏緊抽出時，手指要一直緊合一起。
從袋子或散堆種子中扦取的樣品，經過混合后組成一個原始樣品。從原始樣品中分取送檢樣品，可采用四分法或分樣器法。
四分法也叫對角線法，就是把種子倒在平滑的桌面或玻璃板上鋪平，均勻混合后，攤成1~2cm厚的正方形，用分樣板按對角線把種子分成4個三角形，除去2個相對的三角形后，再把種子重新混合，按上法繼續分樣，直到相對的2個三角形中的種子相當于平均樣品的要求量為止。
分樣器法適用于種粒小、流動性大的種子。將混合樣品倒人分樣器漏斗中，不可振動分樣器，很快撥開漏斗下面的活門，使種子迅速下落至兩個盛接器內，關閉漏斗口，然后取其中一個盛接器的樣品按上法繼續分取，直至分出的樣品達規定的量為止。
經過分樣取得的兩份平均樣品，一份供檢驗凈度（包括純度、千粒重、發芽率）用，一份供檢驗水分、病蟲害并作為保留樣品立即放人密閉容器內。