菌種保存的原理是預防或減緩DNA 復制時自發突變導致菌種退化，因此要創造代謝不活潑的狀態，而菌種保存時使菌種進入休眠態（孢子、芽孢)，并創造干燥、低溫、缺氧、缺營養的環境，創造的環境越接近此狀態，所保存的菌種的時間就越長，所以從原理上講，所有菌種都可用這種方法保存， 但需要注意的是，苛刻菌（如流感嗜血桿菌、腦膜炎萘瑟氏菌）等特殊細菌保存時，需-80℃或更低溫度保存，才可以做到更長期的保存。
