營養所揭示SRSF10調控mRNA選擇性剪接的新機制

　　1月18日，Nucleic Acids Research在線發表了中科院上海生命科學研究院營養科學研究所研究員馮英組的最新研究進展：Transcriptome analysis of alternative splicing events regulated by SRSF10 reveals position-dependent splicing modulation，該研究基于高通量轉錄組測序(RNA-seq)技術結合生物信息分析，首次揭示了選擇性剪接蛋白SRSF10在細胞內調節的靶底物以及其調控mRNA選擇性剪接的機制。

　　近年來，隨著二代測序技術的飛速發展，測序已成為研究基因組和轉錄組的重要手段之一。高通量轉錄組測序技術(RNA-seq)可用于檢測基因表達差異、融合基因、未知或稀有轉錄本、以及mRNA選擇性剪接等研究領域。

　　SRSF10是經典的SR蛋白家族成員之一，已有研究表明，SRSF10在體外是一個序列特異性的剪接激活蛋白，但是其在體內的剪接調控靶點及作用機制，目前仍然不清楚。

　　在馮英指導下，博士生周雪霞和博士后吳文武等利用RNA-seq技術，并結合自主研發的選擇性剪接java軟件(軟件名稱：Alternative Splicing Detector：ASD, 網址：http://www.novelbio.com/asd/ASD.html), 在雞細胞系DT40中，尋找受SRSF10調節的體內剪接底物。研究發現， SRSF10同時具有增強外顯子接入和抑制外顯子接入的雙重功能;Motif分析發現，外顯子的接入與否與SRSF10的結合位點在調控外顯子上的分布有關。進一步研究表明：SRSF10所調控的剪接事件多為應激或凋亡相關的基因。SRSF10敲除的DT40細胞對內質網應激誘導的凋亡更為敏感，提示其可能通過調節應激相關基因的選擇性剪接，控制著內質網應激下的細胞存活能力。

　　該研究加深了人們對于SRSF10在體內調節的剪接網絡和機制的理解，為深入研究SRSF10在細胞存活能力中的作用和機制提供了新線索。

　　該研究獲得了國家科技部、基金委、中科院百人計劃和中國博士后基金等項目的資助。