藿香丸的副作用一般較為輕微，主要包括：
胃腸道不適：可能會引起惡心、嘔吐、腹脹、腹痛等胃腸道方面的副作用。通常情況下，停藥后這些癥狀會緩解。
過敏反應：個別患者可能會出現全身瘙癢、出紅疹等過敏癥狀。如果出現這些癥狀，應立即停藥，并考慮使用抗過敏藥物。
肝腎負擔加重：對于有肝病或腎病的患者，藿香丸可能會加重肝腎的負擔，因此在服用前應咨詢醫生。
