在病理情況下，如患有腎病時，濾過膜的濾過作用會發生改變。原因之一是濾過膜的通透性增加，原來不能濾過的蛋白質被濾過；另一個原因是濾過膜表層覆蓋著帶負電的某種蛋白，按照同性相斥的原理，它能阻止中帶負電的大分子蛋白質(如白蛋白)通過，因此當患有腎病時，濾過膜上的某種蛋白減少，白蛋白濾出增多；另外，在病理情況下，還可能會造成腎小管的重吸收障礙，使原來濾過的少量蛋白質不能被腎小管重新吸收。以上情況都可能造成尿中蛋白質含量過高(每日排出量超過150
mg)，形成蛋白尿。
蛋白尿的發病機制
蛋白尿的發生主要取決于腎小球對血漿蛋白的濾過及腎小管處的再吸收。
1、腎小球對血漿蛋白的濾過 腎小球處濾過膜自內而外由毛細血管內皮細胞、腎小球基膜及腎小囊臟層上皮細胞組成。其對于血漿蛋白的通透性一方面取決于此濾過膜各層上篩孔的大小（分子篩作用），另一方面與濾過膜上的電荷狀態有關（靜電屏障作用）。就腎小球濾過膜電荷屏障而言，由于腎小球濾過膜處的氨基多糖（硫酸類肝素）及涎酸構成一陰電荷層，因之阻止血循環中帶陰電荷的物質通過。白蛋白的等電點（PI）為4.5～5.2，在血清pH7.42條件下乃呈陰電荷狀態，這樣通過同性相斥的原理而難于通過濾過膜的靜電屏障。
2、腎小管的重吸收 用微穿刺技術，對腎小球濾出之原尿、近曲小管內之尿液進行分析，發現其蛋白含量遠高于最終排出的尿液，由此證明經腎小球濾出的少量蛋白，幾乎99％被回吸收。回吸收主要在近曲小管進行。此為一需能量的主動吸收過程。通過胞飲作用蛋白進入腎小管上皮細胞，在胞漿中水解為多肽、氨基酸，再轉回入腎小管周圍毛細血管中，由于腎小管回吸收。故尿中通常蛋白含量甚微。當腎臟疾患時無論是腎小球濾過蛋白過多、超過腎小管重吸收能力，或腎小管功能障礙回吸收能力下降，均可致蛋白尿。
蛋白尿并非都是病態，有功能性蛋白尿和病理性蛋白尿之分。功能性蛋白尿也稱生理性蛋白尿，是指出現于健康人的暫時性蛋白尿。多見于青年人，在劇烈運動、發熱、高溫、受寒、精神緊張等因素影響下，腎血管痙攣或充血，導致腎小球濾過膜通透性增強而使蛋白大量“漏網”。正常孕婦尿中蛋白可輕度增加，這與體位和腎流量加大、腎小球濾過率增加有關。功能性蛋白尿在誘因解除后蛋白尿會自行消失。故又稱可逆性蛋白尿或一過性蛋白尿。
IgA腎病患者多數表現為輕度蛋白尿，24h小于1g。只有少數IgA腎病患者出現大量蛋白尿甚至腎病綜合征，IgA腎病自然病程的進展取決于蛋白尿的量和持續時間，這兩個因素是決定腎小球和腎小管間質組織改變，電鏡下足突細胞偽足融合消失，類似微小病變性腎小球腎炎，熒光系膜區IgA彌漫沉積，部分伴高血壓及腎功能異常者腎小球病變較重，彌漫系膜增生伴局灶節段感化和腎小管間質損害。