8.常見問題及解釋
1） 若產生模糊條帶則證明聚焦不完全，這可能是由于電泳中的問題或大分子蛋白質限制了其在凝膠中的遷移能力。若聚焦時間過長或過短，條帶的分辨率會下降。增加電壓梯度可以使帶形更加銳利。高分子量蛋白質在瓊脂糖凝膠中可以聚焦的更好。
2） 產生歪斜的條帶通常由于不正確的pH梯度，檢查電極是否潔凈，是否同凝膠鏈接良好，同時應該注意凝膠的邊緣效應。
3） 蛋白帶的紋理現象是等電聚焦中經常遇到的問題，可能是一下原因：
a，蛋白質聚集或沉淀（尤其在等電點附近），或上樣量過大，8M尿素通常用來防止蛋白質聚集，去垢劑Triton X－100和NP－40常用來防止膜蛋白的聚集，所以上樣前一定要離心以除去不溶解的顆粒；
b，樣品中殘存核酸，可以采用多種方法去除核酸污染，如酸抽提、鹽沉淀、核酸酶消化等；
c，蛋白質修飾，非超純級的尿素中的異氰酸鹽污染物可能導致蛋白質的氨甲酰化，預電泳可以去除異氰酸鹽，蛋白質樣品處理或儲存不當會發生包括Cys殘基氧化，Asn或Gln殘基去氨基化等修飾過程；
d，波浪形條帶常由于樣品中鹽濃度過高，有時候載體兩性電解質或電極液不純或電極不潔凈也會產生波浪形條帶；
e，電極同凝膠連接不平行，配置凝膠時候試劑不純，載體兩性電解質濃度過低可導致不均等的pH梯度，若凝膠堿性部分pH梯度丟失，其可能原因是陽極飄移，可以補充pH9－11的載體兩性電解質或進行非平衡pH梯度電泳；
f，染色時候高背景的產生可能由于固定后載體兩性電解質仍殘留于凝膠中，增加1％三氯乙酸的固定時間可解決；
g，蛋白質條帶丟失或過淡可能由于蛋白質分子量較低（<10kDa〉或蛋白質在固定中未被變性，增加三氯乙酸濃度或使用戊二醛固定即可；
h，復雜的蛋白質混合物等電聚焦后可以產生相互重疊的斑點，改變等電聚焦凝膠pH范圍可以解決此問題。進一步的蛋白質純化或沉淀處理可以避免重疊斑點的產生。