HP-RPC的選擇首先要看蛋白質的分子量，20kDa左右的一般用C4或C8，再小一點的可以用C18，太大的蛋白并不適于反相分離。C18通用性最好，但是有時候保留過強可能會導致收率較低。如果目的蛋白不是很針對，可以考慮通用性最強的C18柱。
一般來說，4.6mm的內徑比較常見，250mm長的柱子比150mm的柱子分離度要好，無論對小肽還是蛋白都是這樣。
其次要注意填料的孔徑，80A左右的填料主要是用于小分子的分析分離，對于蛋白這樣的大分子，要用300A孔徑的填料，可以避免分子擴散到填料內部的摩擦阻力，提高柱效。此外C載量來說，蛋白柱和一般的C18也是不一樣的。
Agilent, Waters，Vydac都有相關的成熟產品，最好能配備相應的保護柱。
更小內徑的柱子可以節省流動相，有些更適于甲酸等液質連用的情況。
制備的話，還是考慮聚合物的制備級填料Source RPC比較好，可以NaOH CIP。Amersham也有ReSource的聚合物反相分析柱賣，壽命會長些，該柱非極性與C8相近，但是價格較貴，印象中要RMB 8000。
一般的進口柱連同保護柱，RMB4000差不多搞定了。
太大分子量的蛋白用Source RPC分離收率也一樣不會高的，不過對于硅膠C18系列分析柱，柱子壽命更重要，為了防止堵柱，自然，廠家會強調如何根據蛋白性質來選合適的柱，以盡量延長柱壽命為自己產品贏得口碑。
對于安馬西亞的Source RPC，它的非極性和C8的蛋白柱相近，這一點是明確的，但選擇性不同。Source柱可以CIP再生，所以壽命不是問題，就是沉淀了活是洗不下來也不用擔心，用濃酸堿再生就是了，所以也用不著強調分子量范圍，而只是說和C8的非極性相似。一般的SOURCE RPC的載量是用胰島素標稱的，可見主要用于小蛋白的分離。
對于C18柱，配合相應的保護柱應該可以適用于大部分的應用，收率可能低，但是有保護柱保護，柱子一般不會壞就是了。一般進口的要RMB4000(including guard cartridge)，TSK不知道有沒有，不過TSK的柱質量肯定不如Waters或Agilent/vydac，便宜也便宜不了多少。
對于分離而言，Source 和C18相比，沒有明顯的優勢；但是前者壽命長，不怕堵塞，壓力低，設備會便宜，可以自己填裝，容易放大。
不同的填料和蛋白活性沒有直接聯系，但是非極性強（保留強）的柱子更容易使蛋白變性，比如C18比C8更容易使蛋白變性，因為蛋白容易變性，有的甚至沉淀，所以對柱子的壽命會有影響，所以能用C8就盡量不要用C18。
此外維持蛋白活性還可蛋白本身的穩定性和所用的離子對試劑的種類和濃度/分離時間等條件有關，要綜合考慮。
以硅膠反相柱為例，太大的蛋白無法進入小的孔徑，無法利用孔徑內的配基位點，因此分離效果不會很好，但也不絕對，要看雜蛋白的情況。如果分子量不是太大，那可以試試看再說，最好有保護柱。
Source柱的非極性和C8相近，一般也足以使蛋白保留了。可以放心的試，不用擔心蛋白沉淀對柱的壽命產生影響。
常見的C8,c18都是硅膠基質的反相填料。這種填料比較耐壓，但是pH范圍較窄，一般為2~7，以免硅膠水解或配基脫落。
處理的話看說明書即可，要注意極性和非極性溶液之間的過渡就可以了，一般分析柱不要反沖。
如果是普通的層析硅膠，那還是屬于正相層析，因為硅膠本身是極性的，一般不用于分離蛋白。同樣也要注意溶液間的置換。