可在一系列細胞外酶或溶酶體中的細胞內酶的催化下進行。水解糖鏈的酶包括內切糖苷酶及外切糖苷酶,分別催化水解糖鏈中的及糖鏈非還原末端的糖苷鏈。透明質酸酶是了解最多的內切糖苷酶。精細胞產生的透明質酸酶對其穿過卵膜實現受精是必要的。細菌分泌的透明質酸酶對其侵犯宿主組織有重要作用。氨基聚糖中的硫酸基由硫酸酯酶催化水解脫硫酸。脫硫酸常為氨基聚糖糖鏈降解的限速步驟。未經脫硫酸則糖苷酶無法發揮作用。至于核心蛋白質及連接蛋白質的降解過程與一般蛋白質相同。