蛋白芯片主要有三類：蛋白質微陣列、微孔板蛋白質芯片、三維凝膠塊芯片等。
蛋白質微陣列
哈佛大學的Macbeath和SchreiberL等報道了：通過點樣機械裝置制作蛋白質芯片的研究，將針尖浸入裝有純化的蛋白質溶液的微孔中，然后移至載玻片上，在載玻片表面點上1nl的溶液，然后機械手重復操作，點不同的蛋白質。利用此裝置大約固定了10，000種蛋白質，并用其研究蛋白質與蛋白質間，蛋白質與小分子間的特異性相互作用。Macbeath和Schreiber首先用一層小牛血清白蛋白（BSA）修飾玻片，可以防止固定在表面上的蛋白質變性。由于賴氨酸廣泛存在于蛋白質的肽鏈中，BSA中的賴氨酸通過活性劑與點樣的蛋白質樣品所含的賴氨酸發生反應，使其結合在基片表面，并且一些蛋白質的活性區域露出。這樣，利用點樣裝置將蛋白質固定在t3SA表面上，制作成蛋白質微陣列。
微孔板蛋白芯片
Mendoza等在傳統微滴定板的基礎上，利用機械手在96孔的每一個孔的平底上點樣成同樣的四組蛋白質，每組36個點（4×36陣列），含有8種不同抗原和標記蛋白。可直接使用與之配套的全自動免疫分析儀，測定結果。適合蛋白質的大規模、多種類的篩選。
三維凝膠塊芯片
三維凝膠塊芯片是美國阿貢國家實驗室和俄羅斯科學院恩格爾哈得分子生物學研究所開發的一種芯片技術。三維凝膠塊芯片實質上是在基片上點布以10000個微小聚苯烯酰胺凝膠塊，每個凝膠塊可用于靶DNA、RNA和蛋白質的分析。這種芯片可用于篩選抗原抗體、酶動力學反應的研究。該系統的優點是：凝膠條的三維化能加進更多的已知樣品，提高檢測的靈敏度；蛋白質能夠以天然狀態分析，可以進行免疫測定、受體、配體研究和蛋白質組分分析。