在結構生物學，一個蛋白質亞基是一個單一的蛋白質分子，其組裝（或“ coassembles ”）與其他蛋白質分子以形成蛋白復合物。一些天然存在的蛋白質具有相對較少的亞基，因此被描述為寡聚體，例如血紅蛋白或DNA聚合酶。其他的可能由非常多的亞基組成，因此被描述為多聚體，例蛋白質亞基如微管和其他細胞骨架蛋白。多聚體蛋白的亞基可以相同，同源或完全不同，并致力于不同的任務。
在一些蛋白質組裝物中，一個亞基可以是酶催化反應的“催化亞基” ，而“調節性亞基”將促進或抑制該活性。盡管端粒酶具有端粒酶逆轉錄酶作為催化亞基，但調節是由蛋白質外的因素完成的。組裝時由調節亞基和催化亞基組成的酶通常稱為全酶。例如，I類磷酸肌醇3-激酶由p110催化亞基和p85調節亞基組成。一個亞基由一條多肽鏈組成。一條多肽鏈有一個編碼它的基因–意思是一種蛋白質每個xxx的亞基必須有一個基因。
亞基通常用希臘字母或羅馬字母命名，蛋白質中此類亞基的編號由下標指示。例如，ATP合酶具有一種稱為α的亞基。這三個都存在的ATP合成酶分子中，因此被指定α 3。亞基的較大基團也可以被指定，像α 3 β 3 -hexamer和c形環。