1、內源蛋白降解速度不同,一般代謝中關鍵酶半衰期短,如多胺合成的限速酶－鳥氨酸脫羧酶半衰期只有11分鐘,而血漿蛋白約為10天,膠原為1000天。體重70千克的成人每天約有400克蛋白更新,進入游離氨基酸庫。
2、內源蛋白主要在溶酶體降解,少量隨消化液進入消化道降解,某些細胞器也有蛋白酶活性。內源蛋白是選擇性降解,半衰期與其組成和結構有關。有人認為N－末端組成對半衰期有重要影響（N-末端規則）,也有人提出半衰期短的蛋白都含有一個富含脯氨酸、谷氨酸、絲氨酸和蘇氨酸的區域（PEST區域）。如研究清楚,就可能得到穩定的蛋白質產品。