信號肽位于新合成的分泌蛋白N端。對分泌蛋白的靶向運輸起決定作用。①細胞內的信號肽識別顆粒（SRP）識別信號肽，使肽鏈合成暫時停止，SRP引導核蛋白體結合粗面內質網膜；②SRP識別、結合內質網膜上的對接蛋白,水解GTP使SRP分離，多肽鏈繼續延長；③信號肽引導延長多肽進入內質網腔后，經信號肽酶切除。分泌蛋白在高爾基體包裝成分泌顆粒出胞。
