組蛋白的磷酸化一般導致對應區域基因表達的上調。
表觀遺傳調控包括DNA甲基化，組蛋白修飾（磷酸化，乙酰化，甲基化等）和小RNA調節，是在DNA序列的基礎上對基因表達的調節，是細胞分化的本質。如果除去表觀遺傳調控，人體各個細胞應該是一樣的，但是組蛋白修飾在DNA復制過程中不但可以被復制，也可以在相應蛋白（如組蛋白乙酰化酶）的作用下改變修飾方式，導致各種細胞基因表達的差異。
具體原理就是不同的修飾方式改變了染色小體的構象，進而調節了轉錄因子和DNA的相互作用，小RNA調節則通過改變mRNA和核糖體的相互作用從而達到其調節基因表達的作用。