蛋白酶K已廣泛應用在皮革、毛皮、絲綢、醫藥、食品、釀造等方面。皮革工業的脫毛和軟化已大量利用蛋白酶，既節省時間，又改善勞動衛生條件。
蛋白酶還可用于蠶絲脫膠、肉類嫩化、酒類澄清。臨床上可作藥用，如用胃蛋白酶治療消化不良，用酸性蛋白酶治療支氣管炎，用彈性蛋白酶治療脈管炎以及用胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶對外科化膿性創口的凈化及胸腔間漿膜粘連的治療。
加酶洗衣粉是洗滌劑中的新產品，含堿性蛋白酶，能去除衣物上的血漬和蛋白污物，但使用時注意不要接觸皮膚，以免損傷皮膚表面的蛋白質，引起皮疹、濕疹等過敏現象。
