CE 分離來自復合體混合物如蛋白酶解產物的特定多肽尤其有用。以下的方案闡述使用低壓樣品注射的 P/ACE 5000 CE 儀器（Beckman） 的用法。但其他儀器也可以依據制造商的操作指南進行同樣的分離。
| 實驗材料 | |
|---|---|
| 試劑、試劑盒 | 0.05 mol／L 和 0.25 mol／L 磷酸鈉緩沖液(pH 2.30 存儲于 4℃)0.1 mol／L 氫氧化鈉 |
| 儀器、耗材 | |
| 實驗步驟 | 1. 用以下溶液沖洗進行預處理毛細管： 10 倍柱體積的 0.1 mol/L NaOH，在低壓（0.5 lb/in2）下 10 倍柱體積的水 4 倍柱體積的 0.25 mol/L 磷酸鈉緩沖液，pH 2.30。 存儲柱于 0.25 mol/L 磷酸鈉緩沖液，pH 2.30，25℃。 2. 將 10 nmol （約 300 g） 溶于 10 ml 的 0.05 mol/L 磷酸鈉緩沖液，pH 2.30，制備多肽混合物。以每管 100 μl 凍存未用的混合物。 3. 在 0.5 lb/in2，10 s 內用低壓注射上樣 10～20 nl 樣品。 4. 使用以下條件分離多肽混合物： 電解質：0.05 mol/L 磷酸鈉緩沖液，pH 2.3 探測波長：200 nm 溫度：25℃ 電壓：25 kV 5. 用以下溶液清洗柱子： 0.5 min，水 1.0 min，0.1 mol/L NaOH 1.5 min，水 1.0 min，0.25 mol/L 磷酸鈉緩沖液，pH 2.30 室溫存儲柱子于運行緩沖液或水中。 |
