評價指標體系建設是測土配方施肥體系的重要環節，它是篩選和驗證土壤養分測試方法、建立適合各地情況的推薦施肥指標體系的主要手段，是應“3414”方案而開發，在測土配方施肥領域應用廣泛。但在使用其進行土肥的實驗時應注意采樣的時間和周期：
1、采樣時間
在作物收獲后或播種施肥前采集，一般在秋后。設施蔬菜在晾棚期采集。果園在果品采摘后的第一次施肥前采集，幼樹及未掛果果園，應在清園擴穴施肥前采集。進行氮肥追肥推薦時，應在追肥前或作物生長的關鍵時期采集。
2、采樣周期
同一采樣單元，無機氮及植株氮營養快速診斷每季或每年采集1次；土壤有效磷、速效鉀等一般2～3年采集1次；中、微量元素一般3～5年采集1次。