按照2008年5月發布的《人感染禽流感診療方案（2008版）》和2013年4月發布的《人感染H7N9禽流感診療方案（2013年第2版）》中的標準，根據流行病學接觸史、臨床表現及實驗室檢查結果，可做出人感染H5N1或H7N9禽流感的診斷。在流行病學史不詳的情況下，根據臨床表現、輔助檢查和實驗室檢測結果，特別是從患者呼吸道分泌物標本中分離出禽流感病毒，或禽流感病毒核酸檢測陽性，或動態檢測雙份血清禽流感病毒特異性抗體陽轉或呈4倍或以上升高，可作出人感染禽流感的診斷。
應主要依靠病原學檢測與其他的不明原因肺炎進行鑒別，如季節性流感（含甲型H1N1流感）、細菌性肺炎、嚴重急性呼吸綜合征（SARS）、新型冠狀病毒肺炎、腺病毒肺炎、衣原體肺炎、支原體肺炎等疾病。