微生物顯微鏡直接計數法隨機性大,所以對菌體數量不能做出較為宏觀,全面的反應.顯微鏡直接計數法一般與血球計數板配套使用.但顯微鏡直接計數法的優點是快速,觀察到馬上可以計數.平板菌落計數法最大的缺點是速度慢,需要平板上長出菌落一段時間后才能計數.但是由于平板菌落計數法通常做梯度稀釋,所以計數的線性范圍大.由于是菌懸液涂布,所以比較均勻,能較好的反應菌落的疏密程度.重復性,平行性很好,是經典的計數方法.