肺炎亞種
肺炎克雷伯氏菌在自然界廣泛分布于土、水和谷類，并見于正常人和動物的腸道中，也有人認為是人正常腸道棲息菌，但其數量很少。可能從幾種患病的病人分離到。在小兒腹瀉病例中檢出頻率較高，近年醫院內的抗藥性肺炎克雷伯氏菌感染十分猖獗，特別是發生在泌尿系統的病人和新生兒及護理單位。也見于呼吸道感染，莢膜1型、2型和3型可能引起肺炎，在動物中肺炎克雷伯氏菌可從患子宮炎和牛乳腺炎的母馬中分離到。莢膜1型和2型對小鼠有高度侵染性，所有其他菌株對小鼠不致病或致病性弱。
臭鼻亞種
亦稱臭鼻桿菌。能引起慢性萎縮性鼻炎，有惡臭。尚可引起敗血癥、泌尿道感染和軟組織感染等。
硬鼻結亞種
亦稱鼻硬結桿菌。硬鼻結克雷伯氏菌屬于莢膜3型，在鼻硬結病患者和其接觸者中經常檢出。主要引起慢性肉芽腫病變，侵犯鼻咽部，使組織發生壞死。
產酸克雷伯氏菌
產酸克雷伯氏菌存在于人和動物的腸道，能在各種患病過程中分離到，也可從植物和水生環境中分離到；土生克雷伯氏菌主要從水和土壤環境中分離到；植生克雷伯氏菌主要從植物、水和土壤環境中分離到。