（1）挑選優良的出發菌株 出發菌株就是用于育種的原始菌株。出發菌株適合，育種工作效率就高。參考以下實際經驗選用出發菌株：①以單倍體純種為出發菌株，可排除異核體和異質體的影響；②采用具有優良性狀的菌株，如生長速度快、營養要求低以及產孢子早而多的菌株；③選擇對誘變劑敏感的菌株。由于有些菌株在發生某一變異后，會提高對其它誘變因素的敏感性，故可考慮選擇已發生其他變異的菌株為出發菌株。④許多高產突變往往要經過逐步累積的過程，才變得明顯，所以有必要多挑選一些已經過誘變的菌株為出發菌株，進行多步育種，確保高產菌株的獲得。
（2）菌懸液的制備 一般采用生理狀態一致（用選擇法或誘導法使微生物同步生長）的單細胞或孢子進行誘變處理。所處理的細胞必須是均勻而分散的單細胞懸液。分散狀態的細胞可以均勻地接觸誘變劑，又可避免長出不純菌落。由于某些微生物細胞是多核的，即使處理其單細胞，也會出現不純的菌落。有時，雖然處理的是單核的細胞或孢子，但由于誘變劑一般只作用于DNA雙鏈中的某一條單鏈，故某一突變無法反映在當代的表型上，而是要經過DNA的復制和細胞分裂后才表現出來，于是出現了不純菌落，這就叫表型延遲。上述兩類不純菌落的存在，也是誘變育種工作中初分離的菌株經傳代后很快出現生產性狀“衰退”的主要原因。鑒于上述原因，因此用于誘變育種的細胞應盡量選用單核細胞，如霉菌或放線菌的孢子或細菌的芽孢。
細胞的生理狀態對誘變處理也會產生很大的影響。細菌在對數期誘變處理效果較好；霉菌或放線菌的分生孢子一般都處于休眠狀態，所以培養時間的長短對孢子影響不大，但稍加萌發后的孢子則可提高誘變效率。
（3）選擇簡便有效、最適劑量的誘變劑 誘變劑主要有兩大類，即物理誘變劑和化學誘變劑。物理誘變劑如紫外線、X射線、γ射線和快中子等；化學誘變劑種類極多，主要有烷化劑、堿基類似物和吖啶類化合物。最常用的烷化劑有N-甲基-N′-硝基-N-亞硝基胍(NTG)、甲基磺酸乙酯(EMS) 、甲基亞硝基脲(NMU)、硫酸二乙酯(DES)和環氧乙烷等。目前常用的誘變劑主要有紫外線(UV)、硫酸二乙酯、N-甲基-N′-硝基-N-亞硝基胍(NTG)和亞硝基甲基脲(NMU)等。后兩種因有突出的誘變效果，所以被譽為“超誘變劑”。劑量的選擇受處理條件、菌種情況、誘變劑的種類等多種因素的影響。劑量一般指強度與作用時間的乘積。在育種實踐中，常采用殺菌率來作各種誘變劑的相對劑量。要確定一個合適的劑量，通常要進行多次試驗。在實際工作中，突變率往往隨劑量的增高而提高，但達到一定程度后，再提高劑量反而會使突變率下降。根據對紫外線、X射線和乙烯亞胺等誘變效應的研究結果，發現正變較多地出現在偏低的劑量中，而負變則較多地出現于偏高的劑量中，還發現經多次誘變而提高產量的菌株中，更容易出現負變。因此，在誘變育種工作中，目前比較傾向于采用較低的劑量。例如，過去在用紫外線作誘變劑時，常采用殺菌率為99%的劑量，而近年來則傾向于采用殺菌率為30%～75%的劑量。
（4）突變體的篩選 誘變處理使微生物群體中出現各種突變型，其中絕大多數是負變株。要獲得預定的效應表型主要靠科學的篩選方案和篩選方法，一般要經過初篩和復篩兩個階段的篩選。