iPS細胞的出現，在干細胞研究領域、表觀遺傳學研究領域以及生物醫學研究領域都引起了強烈的反響，這不僅是因為它在基礎研究方面的重要性，更是因為它為人們帶來的光明的應用前景。
在基礎研究方面，它的出現，已經讓人們對多能性的調控機制有了突破性的新認識。細胞重編程是一個復雜的過程，除了受細胞內因子調控外，還受到細胞外信號通路的調控。對于Oct4、Sox2和Nanog等維持干細胞自我新能力的轉錄因子的研究正在逐漸地展開；利用iPS細胞作為實驗模型，只操縱幾個因子的表達，這更會大大加速對多能性調控機理的深入研究。
在實際應用方面，iPS細胞的獲得方法相對簡單和穩定，不需要使用卵細胞或者胚胎。這在技術上和倫理上都比其他方法更有優勢，iPS細胞的建立進一步拉近了干細胞和臨床疾病治療的距離，iPS細胞在細胞替代性治療以及發病機理的研究、新藥篩選方面具有巨大的潛在價值。
此外，iPS細胞在神經系統疾病、心血管疾病等方面的作用也日益呈現，iPS細胞在體外已成功地被分化為神經元細胞、神經膠質細胞、心血管細胞和原始生殖細胞等。在臨床疾病治療中具有巨大應用價值。