不太一樣。內參是相對定量用的，marker是定大小的。
內參一般是RT-PCR用的，當底物是cDNA文庫這種混合物時，除了擴增目的片段，往往還要擴增一個內參。內參一般選擇細胞內的管家基因，表達量不會隨著細胞狀態而變化的，如U6，GAPDH等。由于PCR定量結果受底物影響較大，槍不準或者操作不當帶來的很大誤差，所以用目的片段的定量結果除以內參的定量結果，就能得到一個相對準確的比值，即相對定量。
marker一般是用在普通pcr之后的跑電泳過程中。marker是一系列確定大小的DNA片段，跑出一個ladder，然后你的擴增片段與ladder比較，就可以知道片段的大概長度，然后判斷是不是你要的片段，還是雜帶。