控制另一些遠離基因的產物合成速率的基因。能控制阻礙物的合成，后者能抑制操縱基因的作用，從而停止它所控制的操縱子中的結構基因的轉錄。這種基因，主要的功能是產生一類抑制物，以制約其他基因的活動。也就是，一段有效的DNA片段，它可轉錄翻譯而產生調節蛋白，該蛋白質與操縱基因相互作用，而對操縱子的活動進行控制。它在細胞中的作用猶如自動控制系統，它能使細胞在需要時合成某種酶，在不需要時則停止合成。調節基因如發生突變，在不需要這種酶時，它仍能促進結構基因產生正常的酶，結果造成浪費。
在胚胎發育中，有一些可以產生蛋白質的調節基因能夠決定胚胎發育出前端還是后端，背側還是腹側等等（Hox基因），或者決定特定器官的構建，比如眼睛（pax基因）。海綿只有一個Hox基因，節肢動物有8個，哺乳動物有4個Hox基因簇，其中含有38個基因。老鼠和果蠅都有6個Hox基因，它們的共同祖先原口動物和后口動物肯定已經有了6個Hox基因。