根據質粒能否通過細菌的接合作用，可分為接合性質粒和非接合性質粒。接合性質粒帶有與接合傳遞有關的基因。非接合質粒在一定條件下通過與其共存的接合質粒的誘動或轉導而傳遞。
根據質粒在細菌內的復制類型可分為兩類：嚴緊控制型和松弛控制型。嚴緊控制復制型質粒的復制酶系與染色體DNA復制共用，只能在細胞周期的一定階段進行復制，當細胞染色體停止復制時，質粒也就不再復制。松弛控制復制型的質粒的復制酶系不受染色體DNA復制酶系的影響，在整個細胞生長周期中隨時都可以復制，在染色體復制已經停止時質粒仍能繼續復制。
根據質粒的不相容性，可分為不相容性和相容性。不相容性指結構相似、密切相關的質粒不能穩定地共存于同一宿主細菌內的現象，反之為相容性。常用于流行病學的調查。