最好的酶切結果當然是只有兩條條帶，如果旁邊再跑一個沒有酶切的質粒和一個空載（同樣的載體但是沒有目的片段的質粒）作為對照那會很好說明問題：這兩條條帶應該是一條很明亮，位置較高（酶切下的線性載體），粗一些，理論上是下面那條比較細的條帶（切下的目的片段）的6倍亮度——這個可以根據跑的Marker判斷是否為切下的目的片段。
不好的情況會有三條條帶——多出的一條很可能是沒有酶切完全的，它的位置要比切開的（就是線性的載體）要高，因為跑得慢；不好的情況也有可能只有一條條帶——因為酶切不動，如酶不對、反應條件錯誤等等；有時兩條條帶也可能是錯誤的：酶切太差，只切了很小一部分質粒，然后在高位置有兩條挨得很近的條帶，而切下來的片段由于亮度太弱可能被忽略了。
注意一點是不能以Marker作為對照，用切下的線性載體和沒有酶切的質粒或一個空載來比較大小，因為線性DNA和環狀的DNA、開口環狀的DNA跑的速度不能這樣比較；讓你加這兩個對照是為了說明你切來的粗條帶不是還沒有經過酶切的質粒，也不是一個空載。
所以說，做切膠回收之前一定要用一點酶切結果來監測酶切效果再跑一塊厚膠來回收