大提質粒和小提質粒的基本原理是一樣的，都是通過一定的方法（如加堿裂解）使在細菌內大量擴增的質粒釋放出來，然后經過去蛋白去RNA等一系列步驟純化DNA，最終將DNA提取出來。區別：
1.大提用于大量菌液的提取，100ml-500ml 均可，而小提用的菌液量很少，一般1.5-5ml。
2.一般試劑盒中大提比小提多了溶菌酶、異丙醇（回收沉淀核酸）、含一定量PEG的氯化物（回收質粒DNA）及乙酸銨等，其作用及目的都是有利于細菌的裂解和質粒的純化，所以大提的產物比小提的量多很多，而且純度很高。
3.小提一般用于質粒鑒定和對純度要求不是很高的實驗，大提用于質粒的大量提取和轉染等純度要求很高的實驗。