質粒DNA提取一般用沸水浴法和堿裂解法,現在一般都采用堿裂解法,并有試劑盒可用。它主要是將細胞內的環狀質粒提取出來,一般需要用SDS裂解,RNA酶降解,然后過柱,再進行洗脫.過程比較簡單。 而基因組DNA提取則較為復雜,也需要用SDS裂解和RND酶降解,但降解時間較長,同時對有些革蘭氏陽性細菌還要進行溶菌酶處理,最后用氯仿-苯酚進行除蛋白,這一步重復進行多次,在用氯仿除去多余的苯酚,用乙醇清洗烘干后溶于TE緩沖液中。整個過程比提質粒更復雜,耗時也更長。