對于逐點掃描得到的一段質譜數據，數據處理的首要任務是峰位置的判別。其實質是峰數據與既有模型的匹配過程，這與質譜儀的特性、掃描參數以及數據的統計信息等多種因素有關系。簡單情況下，連續幾個數據都大于設定的閾值（如最大值5％）即可認為該段數據是峰數據，而剩余的數據可認為是本底。
在峰位置判別的基礎上，根據本底數據判斷譜段的基線。可將感興趣譜段的非峰數據（未被標記）的平均值作為基線。但對于大范圍的質譜掃描譜，可能存在不同譜段本底不同的現象，因此當處理幾十個質量掃描范圍質譜數據時，應注意基線的波動。
對于每個具有一定幅度的質量峰，確定其峰中心位置是數據處理的重要一環。質量峰的位置準確，才能正確地反映離子流強度的變化。對于左右對稱的峰，其峰中心一般取兩個半高橫坐標的中心；對于左右不對稱的峰，可分別對峰兩側的斜坡作延長線，兩延長線的交點位置即可作為峰中心。在作峰中心時，數據的漲落往往給計算結果帶來顯著的偏差，這也是峰中心標定的誤差來源。對于平頂不明顯的譜圖，可以使用二次曲線擬合得到離子流強度。
對于每個峰位置，原始數據的橫坐標可能是計算機設定的DAC數值，也可能是按照時間排列的序列數。要通過計算機自動標定每個峰位置對應的質量數，除了要求一定的峰數據的量，還必須有對應的掃描參數和數據庫支持。可人工指定幾個峰位置對應的質量數，再由計算機根據掃描參數與質量數之間的線性或非線性關系算出其他相鄰峰的位置，從而可畫出峰強度質量譜圖。
對掃描峰離子信號的強度計算，第一種是峰高法，用峰中心位置的數據（或連續幾個數據的均值）減去基線數據作為離子信號強度；第二種是峰面積法，用該峰數據（一般選大于5％峰高的數據）和基線圍成的面積作為離子信號強度；第三種是采用窗口數據累加，即以峰中心位置開始向大質量數和小質量數尋找固定長度，確定一個質量范圍，將該質量范圍內的數據平均值減去基線數據作為離子信號強度。
離子峰數據的漲落和基線的漲落都對測試數據有較大的影響，比較而言，峰面積法的精度高于其他方法。