根據英國咨詢公司PGEconomics最近的數據分析，1996到2010年間，與轉基因作物相關的農藥使用量下降了9%。這段時期內，全球殺菌劑和殺蟲劑的使用量下降了43.8萬噸。預計未來幾年仍將保持下降態勢。
其中，抗蟲棉花和耐除草劑玉米品種農藥用量的減少占了大頭，各自減少達17萬噸。棉花殺蟲劑用量的降低使得環境所受影響減少26%，而玉米除草劑相關貢獻在11.5%。玉米殺蟲劑用量減少了4.3萬噸，對環境的影響相應降低將近38%。
大豆作為最廣泛種植的轉基因作物，1996至2010年期間，除草劑用量下降了1.4%，計2.88萬噸，對環境影響降低了16.2%。2010年，轉基因大豆除草劑用量突升7.7%，但對環境影響仍減少18%。
除草劑用量突然回升是由于部分地區的草甘膦抗性雜草的滋生，需要使用非草甘膦除草劑防控。然而，與傳統作物生產相比，僅使用除草劑帶來的環境影響仍然有所改善。