隨著人類認識的發展，轉基因植物的種種潛在危害也逐漸被認識。
1、具有高產、抗性強的轉基因植物品種不斷地被推廣，勢必導致品種的單一化和貧化。
2、轉基因植物的目的基因發生逃逸，亦即通過異花授粉與野生近緣種雜交，可能產生新的雜草。
3、轉基因植物由于抗性強，能適應各種惡劣環境，其中有些作物，它們的不少性狀與它們的雜草化的祖先是共同的，因此，某些遺傳的改變可能使作物本身成為雜草。如高度抗鹽的轉基因水稻品種就可能侵入到港灣中大量繁殖起來成為雜草。
4、轉基因植物是自然界本身并不存在的植物，因此對于一個生態系統來說，轉基因植物的進入就相當于外來種的侵入。
面對轉基因植物的可能危害，國際上提出生物安全問題。我國也制定了有關法規，按照潛在危險程度，將基因工程分為四個等級，采取不同的管理措施。