“轉基因食品致癌”的謠言，源于法國里昂大學教授塞拉利尼2012年完成的轉基因抗除草劑玉米飼喂大白鼠的實驗。這個實驗已被國際生物學界、歐洲食品安全局、法國生物技術高等理事會、德國聯邦風險評估研究所等權威機構以及全世界絕大多數同行科學家所否定。塞拉利尼發表的論文，也被學術雜志撤稿。
塞拉利尼實驗用的大白鼠，壽命只有2—3年，1年多以后就容易自發生長腫瘤，2年以后80%以上的大鼠會長出腫瘤，如果吃得過飽，生長腫瘤的時間會更早，概率會更高。因此這種大鼠只適合做飼喂90天的毒理實驗，不適合做飼喂2年的致癌實驗。但是塞拉利尼做的就是飼喂2年的實驗。日本科學家早在2008年就做過同類實驗。用的大鼠比塞拉利尼的大鼠壽命長，飼喂的也是轉基因抗除草劑玉米，飼喂時間同樣是2年，得出的實驗結果是：轉基因玉米與非轉基因玉米，對實驗鼠的生理影響沒有顯著差異，不致癌。
有觀點認為作物基因的改變可能會引起非期望效應，新引入的蛋白可能具有毒性或者過敏性問題；轉基因作物里面的抗生素標記基因可能會導致抗生素治療失效；轉基因產品在生態環境的可能存在包括基因漂移、破壞競爭性和平衡等影響，還可能對生物多樣性不利，針對這些質疑，科學界進行了長期研究和跟蹤，并得出了以下權威結論：
非期望效應
無論是雜交、誘變還是轉基因，想得到我們預期的優良性狀，都需要去改變作物的基因。雜交一次要“轉入”成千上萬個功能并不清楚的基因，會產生數量龐大到天文數字的基因組合；誘變則是通過物理、化學、輻射等特殊條件的誘導讓作物基因發生不可預知的破壞和變化，既可能有我們需要的變化。
也可能沒有我們需要的變化，更可能有很多我們不需要的變化，轉基因一次只“轉入”一個或幾個功能明確的基因。轉基因技術相比較雜交等傳統技術，在非預期性效應上概率更低，更加精準可控。
過敏性
轉基因食品入市前都要通過嚴格的毒性、致敏性、致畸性等安全評價和審批程序。
轉基因食品在進行安全評價時，絕對不允許轉入表達致敏物和毒素的基因。只要轉基因表達的蛋白質不是致敏蛋白和毒蛋白，這種蛋白質和食物中其他蛋白質沒有本質的差別，都是營養物質，蛋白質進入胃腸就消化成小分子成分，提供人體的營養和能量。
迄今為止，轉基因食品商業化以來，沒有發生過一起經過證實的食用安全問題。
生物多樣性
轉基因技術對基因進行精確定向操作的育種方法，效率更高，針對性更強。例如，抗蟲棉花就是將蘇云金芽孢桿菌中的殺蟲蛋白基因轉移到棉花中，從而能夠專一性抑制棉鈴蟲發生，減少棉鈴蟲危害，減少農藥使用，實現穩產增產、提質增效；抗除草劑作物就是將抗除草劑草甘膦的基因轉入農作物。
從而在使用除草劑（草甘膦）除草時就能夠做到只除草而不危及作物，既增加了種植密度，有效去除雜草，又能降低勞動強度和除草成本，從而能夠提高種植效益。
具體案例證明無害：
以我國國產轉基因抗蟲玉米和轉基因水稻為例，經過室內外多點、多代遺傳分析結果顯示：在生存競爭力、基因漂移對環境影響、非靶標生物和多樣性等幾個方面的安全評估結果，均表明了這些國產轉基因作物具有良好的環境安全性，不存在在農業生態、自然環境、生物多樣性等方面存在問題。