同一家族的轉錄因子之間的區別主要在轉錄調控區。
轉錄調控區包括轉錄激活區（transcription activation domain）和轉錄抑制區（transcription repression domain）二種。近年來，轉錄的激活區被深入研究。它們一般包含DNA結合區之外的30-100個氨基酸殘基，有時一個轉錄因子包含不止一個轉錄激活區。如控制植物儲藏蛋白基因表達的VP1和PvALF轉錄因子，它們的N-末端酸性氨基酸保守序列都具有轉錄激活能力，與酵母轉錄因子GCN4和病毒轉錄因子的VP16的酸性氨基酸轉錄激活區有較高同源性（Bobb et al., 1996）。典型的植物轉錄因子激活區一般富含酸性氨基酸、脯氨酸或谷氨酰胺等，如GBF（G-box binding factor）含有的GCB盒（GBF conserved box）激活結構域（lunwen114 and Bevan, 1998）。