顧名思義,間充質祖細胞起源于中胚層。這些細胞,來源于中胚層形成的情況下,特別是從形成胚胎干細胞通過誘導通過BMP4和成纖維細胞生長因子FGF2,而胎兒是子宮內。有人提出用這些生長因子分化胚胎干細胞可以防止干細胞在注射到潛在患者體內后形成畸胎瘤或干細胞引起的腫瘤。