載體兩性電解質等電聚焦電泳具有很多優點,如分辨率高、能抵消擴散作用而使區帶越走越窄、聚焦濃縮稀樣品、重復性好、精確度高等。但其也存在不足之處,如對樣品的純度要求較高;要求樣品成分在等電點時穩定,不適宜用于在等電點時不溶解或變性的蛋白質。