載體疫苗將抗原基因通過無害的微生物這種載體進入體內誘導免疫應答。它的特點是組合了減毒活疫苗強有力的免疫原性和亞單位疫苗的準確度兩個優勢。
這種活載體疫苗的一個顯著好處是可以有效在體內誘導細胞免疫，這在目前誘導細胞免疫方法還不夠好、細胞免疫在一些疾病又特別重要的背景下顯得很有前景。
在試驗中使用的重要載體有牛痘病毒的變體、脊髓灰質炎病毒、禽痘病毒、腺病毒、皰疹病毒、沙門菌、志賀菌等。也可以同時構建一個或多個細胞因子基因，這樣可增強免疫反應或者改變免疫反應方向。
