人Apo CⅡ為含79個 氨基酸殘基的單鏈多肽，分子量為9.1kD。先合成的Apo CⅡ含101氨基酸殘，其中 22個氨基酸構成信號肽，除去信號肽后則轉變為成熟Apo CⅡ。Apo CⅡ的等電點為5.0，其氨基酸組成有3個特點: ⑴缺乏組氨酸和半胱氨酸； ⑵ 含有較多的極性氨基酸； ⑶蘇氨酸及絲氨酸較高。
對Apo CⅡ的氨基酸序列進行Chuo-Fasman分析表明： Apo CⅡ的第13-22,29-40,43-52氨基酸殘基為雙性α螺旋，具有與脂質結合的功能，第9-12、23 -26 、53-56氨基酸殘基為β轉角結構，第61-74AA殘基為α-雙性螺旋，是與脂質 結合的區域，第1-39、54-69氨基酸殘基為β-轉角結構。對Apo CⅡ溴化氰水解片段或合成片段的研究表明： Apo CⅡ激活LPL的肽段為羧基端56-79氨基酸殘基，其激活作用可被具有結合磷脂活性的第44-55氨基酸殘基段加強； 切除Apo CⅡ羧基末端3 個氨基酸殘基，Apo CⅡ激活LPL的活性完全喪失。
Apo CⅡ基因與Apo CI、Apo E基因成簇排列，位于19 號染色體長臂 q13 區。Apo CⅡ基因長3320bp，含4個外顯子和3個內含子。外顯子分別為29bp 、 68bp 、160bp和241bp。外顯子1包括mRNA 5'端非翻譯區的大部分，外顯子2包含5' 端非翻譯區的小部分(約13bp）及信號肽中前18 個氨基酸的密碼子，外顯子3由編碼信號肽后9個氨基酸及成熟Apo CⅡ蛋白的1050位氨基酸的核苷酸組成。外顯子4 包括編碼成熟Apo CⅡ蛋白的51-79位氨基酸的核苷酸順序及3'端非編碼區。在3'非編碼區有3個poly A信號，在此apoly A后還有一個Alu復序列存在，其意義尚不清楚。內含子分別為2386bp、1676和296bp。內含子1位于蛋氨酸起始密碼（翻譯起始點）上游第13與14核苷酸之間，把外顯子1和外顯子2隔開。內含子2在編碼信號肽的第4位氨基酸的密碼子處把外顯子2和外顯子3隔開。內含子3則在編碼第50 氨基酸密碼子處將外顯子3和外顯子4隔開。內含子1含有4個Alu重復序列且富含GC。內含子3含有 36 -40bp 的重復序列，在這些重復序上游 31bp處有一個潛在的增強核心序列： CATACCAC。在轉錄起始點上游6個bp組成TATA盒，可能為啟動子的一部分。