過氧化氫酶存在于所有已知的動物的各個組織中，特別在肝臟中以高濃度存在。在投彈手甲蟲（bombardier beetle）中，過氧化氫酶具有獨特用途。這種甲蟲具有兩套分開儲存于腺體中的化學物。大的腺體中儲存著對苯二酚和過氧化氫，而小的腺體中儲存著過氧化氫酶和辣根過氧化物酶。當甲蟲將兩個腺體中的化學物質混合在一起時，就會釋放出氧氣，而氧氣既可以氧化對苯二酚又可以作為助推劑。
過氧化氫酶也普遍存在于植物中，但不包括真菌，雖然有些真菌被發現在低pH值和溫暖的環境下能夠產生該酶。
絕大多數需氧微生物都含有過氧化氫酶。例外包括Streptococcus，一種沒有過氧化氫酶的需氧細菌。部分厭氧微生物，如Methanosarcina barkeri，也含有過氧化氫酶。