在進化年代上，所有的返座假基因都在哺乳動物輻射（mammalianradiation）之后出現，即返座假基因只存在于哺乳動物中。人DHFRΨ1假基因在人群中甚至還有一定的多態性。由于返座假基因對于物種本身沒有提供什么明顯的選擇優勢，因此曾被認為是一種“分子寄生物”（molecularparasite）。
普遍認為，產生大量返座假基因的非病毒返座作用（retroposition）作為一種進化的主要動力，通過促進序列連續性的復制、散布和重組，保持著真核生物基因組的流動性（fluidity）。
由于基因組的流動性保證了胞核和胞質這兩個不同遺傳區域的遺傳信息的持續交換，通過遺傳信息復制性散布產生大量新的序列組合的返座作用就能從很多不同的方面來塑造和重塑真核生物基因組。
假基因與內含子、衛星序列、轉位因子等冗余DNA一樣，是不受進化的負選擇作用的。從這個意義上說，假基因是功能基因的“棄兒”。但正是這些看似無用的遺傳變異為物種進化的正選擇、負選擇以及中性漂變提供了豐富的原材料，從而成為物種進化不可或缺的有用“工具”。
