骨髓移植成敗的關鍵之一是人類白細胞抗原（HLA）配型問題，如果骨髓供者與患者(受者)的HLA不相合，便可能會發生嚴重的排異反應，甚至危及患者的生命。HLA遺傳方式是從父母各得到“一串基因”，目前實驗室常規進行檢測的為A、B、C、DRB1等基因。父親或母的兩串HLA基因可隨機分配給每一個子女。所以從理論上講，父母和子女之間均為HLA半相合或單倍體相合，而子女之間1/4為全相合，1/2之間為半相合，1/4之間為不相合。目前HLA配型在同胞之間HLA全相合為首選。但由于防治排異反應的藥物和方法的不斷完善，親屬之間HLA不全相合移植GVHD發生率和全相合移植已無明顯差異，親屬之間不完全相合（半相合）也可以選擇。在無關人群之間，HLA相合的比例很低，通常數千分子一到數萬分子一，需要建立供者HLA資料庫，在大量的供者中去尋找。目前中華造血干細胞資料庫已有140萬人的HLA資料可供查詢，對于親屬之間不能找到合適供者的患者約有60%以上可找到合適的供者而進行無血緣關系造血干細胞移植。但無血緣關系造血干細胞移植供受者之間HLA配型相合程度要求很高，需要全相合或幾乎全相合的供者才能移植，否則可能會發生嚴重的排異反應而致生存質量嚴重下降或死亡。對于臍血移植，由于新生兒免疫發育的不成熟，臍血移植HLA配型相合要求較低，一般4/6相合即可移植，但需要細胞數較多的臍血或雙份臍血同時移植。