遺傳因素消化性潰瘍的發病與遺傳因素密切相關。肯定與遺傳有關的消化性潰瘍是Ⅰ型多發性內分泌腺瘤癥(MEAⅠ型或稱Wermer綜合征)和Neuhauser綜合征(十二指腸潰瘍、眼球震顫和肌震顫)。多數潰瘍病可能為多基因遺傳。下列事實提示其與遺傳密切相關。
(l)家族發病傾向：慢性消化性潰瘍者親屬患潰瘍病的機會要比一般人群大2.5～3倍，而且胃潰瘍患者的子女易患胃潰瘍，十二指腸潰瘍患者的子女易患十二指腸潰瘍。有人統計62例小兒病例中，約1/3潰瘍病患者有明顯的家族史，同卵雙生子之一患消化性潰瘍，另一個易患同種潰瘍；而非同卵雙生子則非如此。此點說明遺傳因素對消化性潰瘍發病中的作用。
(2)血型傾向：研究發現十二指腸潰瘍病與2種血型基因特性有關：ABO血型和血型物質ABH分泌狀態。血型O的人潰瘍病的發生較血型A、B或AB者高1.4倍。根據血型物質分泌入唾液及其他體液與否，把人群分為分泌者(占正常人80%)和非分泌者兩大類。非分泌者較分泌者患十二指腸潰瘍可能高1.5倍。
(3)HLA抗原與消化性潰瘍：國內外學者從組織相關抗原的角度來分析十二指腸潰瘍，發現屬HLA-B的頻率較高，如北京地區漢族人中十二指腸潰瘍患者HLA-B5頻率為36.07%(對照組12.5%)。另外，HLA-A24，HLA-B35也與潰瘍的發生有關。
(4)高胃蛋白酶原血癥傾向：通過血中和尿中胃蛋白酶元的研究發現，潰瘍病患者致潰瘍的泌酸腺量及其分泌胃酸、胃蛋白酶的能力存在遺傳學上的異常。血清中胃蛋白酶無濃度增高者容易發生十二指腸潰瘍。高胃蛋白酶原屬常染色體顯性遺傳。其子女中發生高組Ⅰ胃蛋白酶原血癥的機會為50%，同樣伴有十二指腸潰瘍者約為25%。可見壁細胞群及其泌酸能力受遺傳因素控制，在后天環境因素的影響下導致高胃酸分泌和十二指腸潰瘍的形成。總之，消化性潰瘍的發生與遺傳有一定關系，但尚不能完全用遺傳來解釋所有的潰瘍病。