ATⅢ基因位于1號染色體長臂(1q23～25)，在單倍體染色體基因組中為單拷貝，含7個外顯子，DNA全長14kb，采用人肝RNA啟動子延伸分析法已獲ATⅢmRNA起始位圖譜，ATⅢ轉錄起始于5’端距ATG啟動編碼子72bp處，3’端距終末編碼子49bp處，含AATKAA序列，該序列下游224bp處為酶解或多聚腺苷酸作用位點，基因表達有組織特異性，但對其調控機制為順式調控序列或逆式調控因子，尚不了解，已發現兩個調控元件，但在5’區中不能發現常見的TATA，CCAAT或GC等調控元件。
