酶標儀的功能是用來讀取酶聯免疫試劑盒的反應結果，因此要得到準確結果，試劑盒的使用必須規范。許多醫院在使用酶標儀之前是通過目測判斷結果，操作過程隨意性較大，在使用酶標儀后如果不能及時糾正操作習慣，會造成較大誤差。在酶標儀的操作中應注意以下事項： [5]
1. 使用加液器加液，加液頭不能混用。
2. 洗板要洗干凈。如果條件允許，使用洗板機洗板，避免交叉污染。
3. 嚴格按照試劑盒的說明書操作，反應時間準確。
4. 在測量過程中，請勿碰酶標板，以防酶標板傳送時擠傷操作人員的手。
5. 請勿將樣品或試劑灑到儀器表面或內部，操作完成后請洗手。
6. 如果使用的樣品或試劑具有污染性、毒性和生物學危害，請嚴格按照試劑盒的操作說明，以防對操作人員造成損害。
7. 如果儀器接觸過污染性或傳染性物品，請進行清洗和消毒。
8. 不要在測量過程中關閉電源。
9. 對于因試劑盒問題造成的測量結果的偏差，應根據實際情況及時修改參數，以達到最佳效果。
10. 使用后蓋好防塵罩。
11. 出現技術故障時應及時與廠家聯系，切勿擅自拆卸。