它們通過多肽鏈的盤曲折疊，組成一個在酶分子表面、具有三維空間結構的孔穴或裂隙，以容納進入的底物與之結合并催化底物轉變為產物，這個區域即稱為酶的活性中心。不過酶的活性中心(active center)只是酶分子中的很小部分。酶催化反應的特異性實際上決定于酶活性中心的結合基團、催化基團及其空間結構。
而酶活性中心以外的功能集團則在形成并維持酶的空間構象上也是必需的，故稱為活性中心以外的必需基團。
